Những nỗ lực cải cách thiếu định hướng của những người theo thuyết nhân văn (nhân bản), chịu ảnh hưởng bởi Thời kỳ Phục hưng (Renaissance), chỉ làm những người có khuynh hướng cải cách càng thêm mất kiên nhẫn. Eramus và những nhân vật hậu bối như Luther và Zwingli đều xuất hiện từ cuộc tranh luận này, dần dần trở nên các nhân tố đóng góp vào cuộc ly giáo thứ hai của thế giới Cơ Đốc giáo. Không may cho giáo hội, cuộc khủng hoảng thần học khởi phát với William xứ Ockham vào thế kỷ 14 được nối kết với sự bất mãn của giới thị dân. Kể từ lúc các nền tảng triết học của chủ nghĩa kinh viện sụp đổ, thuyết duy danh (nominalism) mới xuất hiện là điềm báo bất tường cho giáo hội cho đến lúc ấy vẫn được xem là định chế hợp pháp đóng vai trò trung gian giữa Thiên Chúa và con người. Hệ tư tưởng mới, ủng hộ khái niệm cho rằng không có học thuyết tôn giáo nào có thể được chống đỡ bởi các cuộc tranh luận triết học, đã bào mòn sự liên kết lâu đời giữa lý trí và đức tin được giảng dạy vào thời trung cổ bởi Thomas Aquinas.

Các phong trào cải cách như chủ nghĩa nhân bản và thuyết sùng kính đề kháng triết học kinh viện thời trung cổ cùng các thể chế hỗ trợ nó. Tại Đức, thuyết sùng kính được ưa chuộng tại các đại học, cho rằng cần có một định nghĩa mới về Thiên Chúa, ngài không còn được nhìn xem là một nguyên tắc tể trị thuần lý, nhưng là một ý chí toàn trị với quyền năng vô hạn. Thiên Chúa nay được xem là đấng tể trị tuyệt đối, vượt quá sự hiểu biết của con người, và tôn giáo nên thiên về nhiệt tâm và tình cảm. Điều này dẫn đến sự phục hưng nền thần học Augustine, dạy rằng con người không thể được cứu rỗi bởi những nỗ lực của chính mình, nhưng bởi ân điển của Thiên Chúa, đã bào mòn tính hợp pháp của các thể chế nghiêm nhặt của giáo hội, theo đó giáo hội cung cấp một kênh dẫn giúp con người làm điều lành để được lên thiên đàng. Dù vậy, thuyết nhân bản khởi thủy là một phong trào cải cách giáo dục bắt rễ từ những nỗ lực vào thời phục hưng nhằm phục hồi tư tưởng và nền giáo dục kinh điển. Là cuộc cách mạng chống lại luận lý học Aristotle, thuyết nhân bản đặt trọng tâm vào việc thay đổi từng cá nhân thông qua phương pháp thuyết phục như là một sự đối nghịch với tính thuần lý.

Sự phân cực xảy ra trong cộng đồng học thuật tại Đức khi giới tăng lữ tấn công Johann Reuchlin (1455–1522) vì ông nghiên cứu về những văn bản tiếng Do Thái Kinh Thánh và tiếng Do Thái, khiến Luther trở nên đồng cảm với những cải cách giáo dục của những người theo thuyết nhân văn với chủ trương ủng hộ quyền tự do học thuật. Dưới sự lãnh đạo của Erasmus, những người theo thuyết nhân bản lên án các hình thức khác nhau của sự thối nát bên trong giáo hội. Erasmus cho rằng tôn giáo thật là sự sùng tín nội tâm hơn là các biểu hiện bên ngoài thông qua nghi thức và thánh lễ (bí tích). Ông viết, "Tôi nhận thấy người dân thường trong thế giới Cơ Đốc giáo đã trở nên bại hoại, không chỉ trong cách sống mà còn trong ý tưởng. Tôi cũng thấy phần lớn những người tự nhận là cha xứ và giáo sư đang lạm dụng danh Chúa để làm lợi cho mình…rao giảng những gì họ gọi là điều răn của Chúa nhưng thật ra chỉ là phát kiến của con người…phép ân xá, đóng góp tiền bạc thay vì thật lòng ăn năn, và những điều tương tự…"[5] Chú trọng vào nỗ lực cải thiện đạo đức và giảm nhẹ các nghi thức, Erasmus đã đặt nền tảng cho cuộc cải cách của Luther.

Chủ trương chống định chế tăng lữ của thuyết nhân bản cũng ảnh hưởng sâu đậm trên Luther. Giới trung lưu ngày càng học thức cao tại miền bắc nước Đức, được gọi là cộng đồng trí thức, cùng giới thị dân quay sang hệ tư tưởng mới của Luther để khái niệm hóa nỗi bất bình của họ theo cung cách của nền văn hóa thời ấy. Sự trỗi dậy của giới thị dân cùng với nguyện vọng của họ muốn điều hành công việc của mình mà không bị hạn chế bởi các rào cản của thể chế hoặc các tập quán văn hóa đã lỗi thời, làm gia tăng tính thuyết phục của chủ nghĩa cá nhân theo thuyết nhân bản. Đối với nhiều người, tư tưởng của giáo hội là quá nghiêm nhặt, nhất là trong lãnh vực tín dụng. Giới thị dân và các vương hầu liên kết với nhau trong mối quan tâm về việc không đóng thuế cho nhà nước, họ cho rằng phần lớn tiền thuế thu từ dân chúng được nộp cho Giáo hoàng tại nước Ý.

Các khuynh hướng này thúc đẩy những đòi hỏi cho cải cách và làm phục hồi trào lưu bài tăng lữ. Những người cải cách bắt đầu quan tâm đến sự phân cách giữa linh mục và bầy chiên của họ. Không phải linh mục nào cũng có thể hưởng một nền giáo dục tốt. Linh mục đang phục vụ tại các giáo xứ thường không biết tiếng Latin, các cha xứ tại nông thôn còn có ít cơ hội hơn để được đào tạo về thần học. Ngược lại, vì là chủ sở hữu các vùng đất rộng lớn, nhiều giám mục quay sang học luật, thay vì thần học, để đảm trách các công việc quản trị tài sản. Sự kính trọng dành cho giáo hội ngày càng sút giảm, nhất là trong giới thị dân có học thức, đặc biệt khi liên quan đến một chuỗi các sự kiện làm bẽ mặt giáo hội như việc bắt giữ Giáo hoàng Boniface VIII theo lệnh của Philip IV, vua nước Pháp, "thời kỳ lưu đày" tại Avignon, sự tranh chấp quyền lực giữa hai Giáo hoàng, và sự thất bại của những nỗ lực cải cách dựa vào các công đồng. Trong một ý nghĩa nào đó, chiến dịch gây quỹ xây dựng Đại Giáo đường Thánh Peter dưới triều Giáo hoàng Leo X là gánh nặng quá sức cho một giáo hội ưa chuộng sự thanh nhã và hào nhoáng theo cung cách của thời phục hưng, buộc họ phải đẩy mạnh việc bán phép ân xá, do đó làm gia tăng ác cảm của giới thị dân đối với hệ thống tăng lữ.

Luther, đem đến cho khái niệm về sự cứu rỗi chỉ bởi đức tin của Augustine một tầm cao mới. Thừa hưởng từ thuyết nhân bản ý thức về quyền tự do cá nhân, Luther dạy rằng mỗi tín hữu đều có quyền tư tế (quan điểm này nhận được sự ủng hộ rộng rãi nhờ sự lớn mạnh của giới trung lưu có học thức tại miền bắc nước Đức), và quan điểm của ông cho rằng Kinh Thánh là thẩm quyền chân chính duy nhất khơi mở trở lại các cuộc tranh luận về việc hạn chế thẩm quyền của Giáo hoàng.